Di era modern, pondok pesantren menghadapi berbagai tantangan, seperti globalisasi, perkembangan teknologi, dan tuntutan kurikulum yang lebih kompleks. Pesantren dituntut untuk beradaptasi dengan mengintegrasikan pendidikan umum, teknologi, dan keterampilan abad ke-21 tanpa meninggalkan nilai-nilai keislaman. Beberapa pesantren sudah mulai menerapkan sistem digital, seperti e-learning dan manajemen berbasis teknologi. Ke depan, pesantren diharapkan terus menjadi lembaga pendidikan yang relevan, menghasilkan generasi yang unggul dalam ilmu agama, sains, dan teknologi.